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脉动真空蒸汽灭菌器对冷空气排出比较彻底，一般脉动三次，每次脉动-80Kpa以下，从而使灭菌室内排出冷空气达到99%以上，灭菌室内温度一致性高，内室抽空，夹层保持一定压力温度，还能使灭菌物品干燥。避免二次感染。故而广泛应用于耐热、耐湿物品灭菌。
如何保证灭菌的有效性呢？
第一，被灭菌物体在灭菌前须经清洗处理 。被灭菌物体在灭菌前的清洁处理是灭菌成功的关键，尤其是一些比较难清洗的医疗用品更是如此，国外曾研究发现彻底的清洁可以降低3―4个对数的细菌量，达到降低有机物的含量的作用；如果不能有效地清除有机物等污染物，它会大大降低灭菌剂的活性，躲藏在有机物内的细菌不易被灭菌剂杀死；因此如果清洁不彻底，整个灭菌过程可能失败。必须注意的是，不能通过延长灭菌时间和提高灭菌剂的温度来降低清洁要求；为了便于有效地将有机物去除，最好采用含酶清洁剂，以加强清洁的效果。清洗有手工清洗和机器清洗。手工清洗费时费力，不能保证每一次清洗的一致性。此外手工清洗时灭菌医务人员必须戴防水口罩、眼罩、手套、套袖、帽子、防水鞋、围裙等；机器清洗则投资大，但可以保证清洗的一致性；但必须注意的是；机器清洗并不能全部代替手工清洗，对于某些管道、精密仪器和较难清洗部位必须手工清洗；此外对于清洗设备必须经常清洗和保养以免机器清洗失败。
第二，蒸汽源的质量 。饱和蒸汽和蒸汽干燥度是灭菌成功的重要条件之一。饱和蒸汽的含量不得低于97%。也就是说，蒸汽源中所含的水微粒或不洁净物应低于3%。否则容易引起湿包现象，导致灭菌失败。
第三，水源的控制 。 水的硬度分为两类：其一，暂时硬度，主要由钙、镁的重碳酸盐等形成；其二，主要由钙与镁的硫酸盐、硝酸盐及氯化物等形成的硬度，它不能用煮沸的方法去除，故又成为永久硬度。因为消毒灭菌器设备长期处于湿热的条件下工作，水中的杂质如溶解氧、二氧化碳、硫化氢、氯化物等等，无论是气态或微粒，均能引起不锈钢和金属产生晶间腐蚀。因此要求消毒灭菌器设备的供水和供汽的PH值在7-7.8之间，锅炉用水和消毒灭菌器设备用水必须进行软化水处理。
第四，水温和水压的要求。 灭菌器真空性能的好坏取决于真空泵的性能，真空泵以水作为介质，对水温和水压都有要求。水温对真空度的影响极大，水温要小于25度，水压在0.2-0.4MPa。
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